PPTQ Al Kahfi Hidayatullah Surakarta menyediakan beberapa pilihan unit pendidikan dengan lingkungan belajar yang disesuaikan dengan jenjang dan kebutuhan pendidikan santri. Setiap unit memadukan pendidikan formal dengan pembinaan keislaman secara terpadu.
Pendidikan tingkat Madrasah Tsanawiyah dengan sistem full day, memadukan pembelajaran formal dengan penguatan nilai-nilai keislaman dan pembinaan karakter.
Pendidikan tingkat Madrasah Tsanawiyah dalam lingkungan pondok pesantren, dengan perpaduan pendidikan formal, tahfizh, adab, dan pembinaan kehidupan santri.
Pendidikan tingkat Madrasah Aliyah berbasis pondok pesantren yang memadukan pendidikan formal dengan tahfizh Al-Qur’an, pembinaan adab, serta persiapan melanjutkan pendidikan.